Os países protestantes abriram caminho a aprovação de leis de tolerância religiosa. O primeiro édito nacional concedendo tal tolerância foi publicado na Holanda, em 1584. Na Inglaterra a completa tolerância custou a se tornar lei do reino, mas os progressos nessa direção foram contínuos, apesar da interrupção verificada sob os reis Stuart e depois de seu tempo. Os suplícios que ocorreram durante o reinado de Maria de Tudor se detiveram quando Isabel subiu ao trono, em 1558, embora se negasse reconhecimento oficial aos Puritanos e católicos romanos. Ao alvorecer do século XVII, Ricardo Hooker revelou espírito tolerante em sua Política Eclesiástica. Foi secundado por testemunhos em prol de melhor tratamento dos dissidentes da religião do Estado, notadamente por Chillingworth, que fez um apelo em defesa da liberdade de consciência, dizendo que "nos contentássemos com induzir os outros a unidade, caridade e mutua tolerância, desde que Deus não autorizou que nenhum indivíduo forçasse todos os homens a unidade de opinião ... Suprimi essa perseguição, fogueira, maldição e perdição de homens, por não subscreverem palavras de homens. Exigi dos cristãos somente a crença em Cristo e que não chame de Mestre senão a ele só". A Assembleia de Westminster, sem adequada compreensão do princípio de tolerância, colocou em sua Confissão estas palavras: "Só Deus é senhor da consciência". Cromwell alargou as fronteiras da tolerância nacional, de modo a abranger os judeus, que tinham sido banidos da Inglaterra cinco séculos antes. 0 Ato de Tolerância de 1689, embora negasse liberdade aos católicos romanos, assinalava progresso na direção equitativa. Escritores como Sidney e Loeke elaboraram teorias no tocante a liberdade. O sentimento do povo inglês e as leis do país gradualmente suprimiram, toda desqualificação baseada em considerações religiosas.
É verdade que na França a liberdade de consciência teve zeloso e influente advogado, não, todavia, na pessoa de um orador de igreja, mas em Voltaire e em outros livres-pensadores. O que diretamente deu azo ao ataque de Voltaire a política tradicional dos pais foi a perseguição da família Calas, família protestante de Toulouse. O pai fora acusado de ter assassinado o filho, ou de o haver induzido ao suicídio, antes que o visse ingressar na comunhão romana. O pai foi submetido ao suplício da roda e outros membros da família foram postos a ferros ou recolhidos a conventos. Inteirando-se do caso, Voltaire continuou a discutí-lo pela pena e nas cortes, até que o rei da França se viu constrangido a anular a sentença já proferida contra as infelizes pessoas e a conceder pensões aos sobreviventes. A Revolução Francesa e o Código Napoleónico mantiveram a liberdade de consciência.