Muitos sacerdotes, à semelhança de Martinho Lutero, declinavam de ensinar ensinos sem fundamento bíblico, perseguidos escondiam-se nas montanhas no Norte de Itália e no Sul de França, muitos membros das suas comunidades os seguiam e nas zonas montanhosas construíam rústicas casas e cultivavam terrenos donde retiravam os seus alimentos.
Neste tempo, todas as prisões do reino de França estavam atulhadas de fiéis. A forca, a roda, as galés, a fogueira eram o seu certo destino destes mártires, na terra não são canonizados como santos, mas segundo a promessa de Deus serão “vestidos de vestes brancas”. No coração de todos os hugunotes era agitado constantemente por sons e vozes da notícia de amigos, familiares, que tinham sido executados. Na sua angustia criaram e com o fito de se animarem uns aos outros um mote: “Salva-nos, Senhor, nós perecemos!”
Este foi o primeiro selo da Igreja do Deserto e representava o barco dos discípulos que depois de uma noite de tormenta e açoitados por onda ferozes, clamaram estas palavras ao Mestres.
O Protestantismo francês iniciou-se com o reformador católico Jacques Lefevre, que iniciou as suas pregações em 1514, portanto antes de Lutero. Depois que a Reforma se tornou pública na Alemanha, atingiu também as massas francesas. Logo, os protestantes franceses passaram a seguir as orientações de João Calvino.
